1996年7月,王菲和窦唯结婚。1997年1月,王菲在北京协和医院产下窦靖童。1999年,王菲和窦唯婚变。1999年8月,窦唯与王菲正式离婚。
2003年王菲在上海拍戏,李亚鹏飞往上海为王菲设宴庆祝生日,当众示爱。2004年7月王菲和李亚鹏恋情曝光。
2005年7月,结婚生子。2005年,王菲、李亚鹏在上海投资酒吧“viproom”。2006年5月,王菲产下小女儿,取名李嫣。7月两人带女儿去美国治疗兔唇,之后共同成立“嫣然基金会”,关注唇腭裂患儿。在12月26日的“嫣然慈善基金答谢会”上募集到1200万善款。2010年,李亚鹏拍摄《将爱情进行到底》,王菲力挺老公献唱主题曲《因为爱情》。
2013年9月13日,王菲李亚鹏在乌鲁木齐离婚,发布微博对外宣布离婚。微博被转发评论近百万条,创造聚男网微博历史之最。
王菲有两个女儿,大女儿窦靖童(1997年1月3日-),王菲和窦唯的女儿。王菲在《唱游》中所填词的《童》便是写她了。日前她首度在公众场合登台唱歌,被赞嗓子媲美王菲。2011年7月10日,窦靖童在微博宣布已初中毕业,还上载了一张近照。2012年12月,15岁的窦靖童晒出自己的一首原创歌曲,清新的曲风和磁性的嗓音立刻引起围观。
李嫣是王菲的第二个女儿,是王菲和李亚鹏所生。2006年5月27日中午12点左右生于北京协和医院。王菲一共有几个孩子?李嫣出生时体重8斤,出生后母女平安。由于小李嫣患有先天性唇腭裂,为此李亚鹏和王菲建立了嫣然天使基金 ,以帮助那些同样患病的儿童。2013年5月27日,在嫣然慈善晚宴上,李嫣作品“熊猫与小鸟”拍卖百万。